El primer documento que habla sobre Magaña es del 14 de junio del año 1181, este documento es de Alfonso VIII, esta expedido en  Magaña, gracias a este documento sabemos que el rey se encontraba allí en esa fecha. 



Esta villa tuvo gran importancia y alrededor de ella se agruparon varios pueblos formando  la Villa de Magaña y su tierra.



Tenían posada, hornos de pan y por la gran cantidad de agua que pasa por estas tierras tambien tenía molinos.



Alfonso VIII estuvo allí el 14 de junio de 1.181.



Se supone sus orígenes a repobladores cristianos que perduraron a las batallas de Almanzor y se extendieron desde aquí hacia las tierras de Agreda.

A mediados del siglo XV el señorío de Magaña pertenecía al condestable Don Alvaro de Luna, valido del Rey de Castila Juan II, en una época de enfrentamientos de Castilla contra los Infantes de Aragón y el rey de Navarra.

Magaña perteneció después a los Duques de Alba y al Marqués de Vadillo.